水泥工業大氣污染物排放標準》顯著加嚴了顆粒物、氮氧化物等污染物的排放限值。新建企業自2014年3月1日起，現有企業自2015年7月1日起，開始執行這一新標準。按照這個標準要求，水泥熟料生產企業還面臨很多問題。
首先，部分水泥熟料生產線不符合法律法規要求。約15%的水泥熟料生產線未履行環保手續，違規建設并投入使用。85%以上的水泥熟料生產線窯頭和27%的窯尾仍然使用電除塵設施，難以達到新排放標準。15%的水泥熟料生產線未建設煙氣脫硝裝置，《標準》實施后，顆粒物和氮氧化物將無法達標排放。部分企業在石灰石開采中未嚴格落實防塵抑塵、生態恢復要求，導致礦區揚塵嚴重、生態惡化。而尤其突出的問題是，新標準實施中面臨較大的經濟和技術壓力。
一是污染治理設施改造和運行費用不菲。大部分水泥熟料線窯頭和一定比例的窯尾仍采用靜電除塵器除塵，新標準執行后將無法穩定達到相關標準，需要進行改造。如東北三省需要改造的生產線約有76條，改造費用約5億元；而煙氣脫硝運行增加的成本約為4～5元/噸熟料。按產能發揮率70%計算，年產熟料6083萬噸，需增加運行費用2.7億元。東北三省水泥熟料產能占全國比例為5%，可以預見，全國為執行新排放標準投入的改造費用將達到100億元，年增加運行費用超過54億元。
二是煙氣脫硝工藝需要進一步探索和改進。煙氣脫硝可以減少NOx排放，減輕對空氣的污染。然而，目前采用的脫硝工藝主要為SNCR，面對400mg/m3以下的氮氧化物排放指標，其技術成熟度和操作穩定性欠缺。部分地區對企業NOx排放濃度提出了更高要求，要求煙氣脫硝后排放濃度低于200mg/m3。由于SNCR煙氣脫硝工藝本身具有局限性，NOx濃度降低必然需要噴氨量大幅提高，勢必造成氨逃逸的二次污染，并且隨著指標提高，脫硝的經濟性急劇降低。
三是在環境標準實施過渡期間，運行脫硝設施和未建脫硝設施企業之間市場競爭有失公平。對于現有企業來說，距離新標準實施還有近半年時間，部分企業已經按照新標準運行脫硝設施，增加了4～5元/噸的熟料成本，而其他未建脫硝設施的企業不存在脫硝成本增加問題。在激烈的市場競爭中，存在不公平現象。
其次，地方政府對節能工作支持力度不夠。水泥熟料生產線配套余熱發電機組，既能夠降低生產成本，提高企業競爭力，又能減少企業從電網的購電量。同時，電廠燃煤消耗量的減少，也減少了各類污染物排放量。目前，東北三省水泥熟料生產線余熱發電建設比例較低，仍有28條生產線未配套建設余熱機組，合計產能為2238萬噸/年。由于東北三省窩電嚴重，個別省份對水泥熟料窯余熱發電機組建設支持力度不足。
雖然對此有要求，企業配套建設意愿非常強烈，但是真正上項目時卻遭遇重重阻力，相應支持政策缺乏。并且，機組建成發電后雖然只并網不上網，仍然要按上網電量收取相應管理費。
此外，生活垃圾、剩余污泥協同處置推進困難。水泥熟料窯協同處置生活垃圾、剩余污泥，技術上比較成熟。一條4000t/d熟料生產能力的生產線，每天可處置80%含水率污泥200～300t，處置生活垃圾200～300t。目前，由于水泥行業產能總體過剩，多數水泥熟料生產企業轉型意愿強烈。然而，目前東北三省只有兩條協同處置剩余污泥的水泥熟料生產線，還沒有協同處置生活垃圾的生產線。
究其原因，在于建設生活垃圾或剩余污泥協同處置設施需要投入。一般來說，配套建設4000t/d水泥熟料生產線，設計處置可燃性生活垃圾200t/d能力的設施，需投入1億元左右。同時，日常運行也需要一定費用，每噸處置費用約150元，并需要保障原料有效、持續供給。各地目前在經濟、環境政策方面均未給予支持，處置費用也距離處置成本有較大差距，使得這項工作無法有效推進。